箱涵在穿越铁路，桥涵和管线等结构时可采取以下安全防护措施：
铁路路基下顶进箱涵时，为确保行车与施工安全，必须进行铁道线路加固，并限制行车速度。
小型箱涵可用调轨梁，轨束梁加固线路。
孔径较大的箱涵可用横梁加盖，纵横梁加固，工字轨束梁体及钢板脱壳法，同时应严加控制车速。
在土质差，承载力低，土壤含量水分高，铁路行车繁忙，不允许限速太多的情况下，可采用低高度施工变梁的方法。
箱涵穿越管线时可采用暴露管线和加强施工监测的保护方法。
在顶进过程中，应对原线路加固系统、箱体各部位、顶力系统和后背进行测量监控。测量监控方案应纳入施工组织设计或施工技术方案中。
